ECML’s hovedbestyrelse består af en repræsentant på ministerieplan fra hvert af de 33 medlemslande. De beslutter temaet, der udgør rammen for hver af de 4-årige projektperioder.
Medlemslandene får derefter mulighed for at indsende forslag til projekter inden for den fastlagte projektramme.
De projekter, der udvælges fra de indkomne forslag, modtager støtte fra ECML til aktiviteter, rejseudgifter og et fast beløb til projektgruppemedlemmerne.